在基因工程中，标记基因是基因修饰小鼠的一种重要应用，通过基因敲入的形式，将外源的示踪基因敲入到内源基因中，从而可以对基因进行标记和示踪。

标记基因的作用是：

为了鉴别受体细胞中是否含有目的基因，从而将含有目的基因的细胞筛选出来。即：鉴别和筛选含有目的基因的细胞。

标记基因在基因修饰小鼠中3类示踪目的:

1、蛋白的亚定位

可将reporter基因敲入到小鼠内源基因的3'端使与内源基因融合表达，通过观察reporter基因的定位确定内源蛋白的细胞亚定位。

2、蛋白的表达谱

可将reporter基因敲入到小鼠内源基因的3'端，对內源基因进行标记或者替代表达，通过观察reporter基因的表达了解内源性蛋白的表达情况，例如：是否表达、表达量、表达组织分布)。

3、细胞的发育谱系

利用Rosa26-LSL-reporter示踪小鼠，与特定细胞Marker基因敲入CreER的工具小鼠交配，在子代小鼠中使特定类型细胞被永久标记上reporter荧光，便能通过观察这些被标记上的荧光信号来追踪某类特定细胞及其后代所有细胞的增殖、分化以及迁移等活动，为研究细胞命运及谱系提供有力手段。

常用标记基因：

常用的标记基因是一些抗生素抗性基因，如卡那霉素抗性基因、潮霉素标记基因等。

补充知识：

标记基因与报告基因联系与区别

报告基因都可以看做是标记基因。报告基因也有标记的作用，标记目的基因是否成功转化的作用，但是它们又有着各自的特点。标记基因通常用来检验重组DNA载体转化成功与否，或者检测目的基因在植物细胞或组织中的定位。常用的标记基因是一些抗生素抗性基因，如卡那霉素抗性基因、潮霉素标记基因等。

报告基因(reporter gene)，是指其编码产物能够被快速地测定，常用来判断外源基因是否已经成功地导入受体细胞、组织或器官，并检测其表达活性的一类特殊用途的基因，主要用于判断目的基因是否成功导入到受体细胞，并在其中表达。故当报告基因被用来区分转化和非转化细胞、组织、器官时，也可将其称为标记基因。报告基因不仅能作为标记基因，

此外，报告基因还能用于研究基因的表达调控，检测启动子的活性，发现新的启动子，观察报告基因和目的基因的融合蛋白在细胞内的位置等。

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